Pēc Otrā pasaules kara, kad Latvijā nodibināta padomju vara, Endzelīns Latvijas Valsts universitātē vadīja Latviešu valodas katedru (1944. — 1950.). No 1946. gada bija Latvijas PSR Zinātņu akadēmijas Valodas un literatūras institūta Valodas daļas vadītājs, no 1953. līdz 1961. gadam — Vārdnīcu sektora vadītājs. 1945. gadā tika izdots viņa "Ievads baltu filoloģijā", 1948. gadā — "Baltu valodu skaņas un ormas", 1951. gadā — "Latviešu valodas gramatika" (1922. gada izdevuma tulkojums ar papildinājumiem; par šo darbu viņam 1958. gadā piešķīra Ļeņina prēmiju). 1956. gadā izdota vietvārdu vārdnīcas "Latvijas PSR vietvārdi" pirmā daļa (otrā daļa iznāca 1962.gadā).
Padomju laikā viņš ir daudz darbojies arī terminoloģijas izveidē. Viņa darināti vārdi ir ieskaits, izstrādes diena, neklātiene (mācības), padomnieks, pirmrindnieks, teicamnieks un citi.…
