Lai sodītu Atēnas par joniešu sacelšanās atbalstīšanu, Persijas valdnieks Dārijs 493. g.p.Kr. nolēma iebrukt Grieķijā. 492. g.p.Kr. notiek gatavošanās ekspedīcijai. Persijas karavadonis Mardonijs nostiprināja kontroli pār nemierīgo Trāķiju un Maķedoniju, bet flote tika izmētāta un lielākā daļa nogrima vētras laikā pie klinšainā Afonas krasta, tāpēc Mardonijs atgriezās Mazāzijā. 491. g.p.Kr. Dārijs nolēma sūtīt karaspēku tieši pāri Egejas jūrai, lai uzbruktu Atēnām un Eritrejai. Komandēja Artaferns un mīdiešu ģenerālis Datis. Ekspedīcijā bija persiešu armijas un flotes krējums, un iespējams, tā bija ap 50 000 vīru (bet nekādi 100 000 pēc Hērodota). Tās sastāvā tāpat bija bijušais Atēnu tirāns Gippijs.
Pirmo reizi atēnieši uzzināja par ekspedīciju, kad persieši uzbruka Eritrejai. Nekavējoties ar slaveno skrējēju Fedipēdu uz Spartu tika nosūtīts vēstījums ar palīdzības lūgumu, bet pilsētā sākās gatavošanās kaujai. Sparta palīdzību apsolīja, bet papildspēki aizkavējās gandrīz divas nedēļas reliģisko svētku dēļ. Apmēram tajā pašā laikā Atēnās pienāca ziņa, ka persieši izsēžas krastā blakus Maratonai 26 jūdzes no Atēnām. Zemessardze, apmēram 9 000 hoplītu un neliels skaits psilu, nekavējoties izgāja uz apvidus paaugstinājumu, virs persiešu izsēšanās vietas. Šeit viņi varēja aizšķērsot ceļu no šaurā piejūras līdzenuma uz Atēnām. Drīzumā viņiem pievienojās Plateju nelielie spēki. Atēniešus komandēja Kalimahs, kura pakļautībā atradās desmit citi karavadoņi, starp kuriem visvairāk cienītais un pieredzējušākais bija Miltiads. …