Parex bankas organizācijas struktūras modelis ir veidots saskaņā ar bankas mērķiem un stratēģiju, kā arī Latvijas Republikas Komerclikumu un Kredītiestāžu likumu, FKTK tiesību aktiem, bankas iekšējiem tiesību aktiem un citiem saistošiem tiesību aktiem.
Bankas pārvaldē ir trīs galvenās vadības struktūrvienības – akcionāru sapulce, padome un valde. Augstākā pārvaldes institūcija ir akcionāru sapulce. Akcionāru sapulces kompetencē ir pieņemt svarīgākos lēmumus par gada pārskatiem un peļņas izlietošanu, padomes locekļu izvēlēšanu un atsaukšanu, statūtu grozīšanu, kapitāla izmaiņām, darbības izbeigšanu vai turpināšanu vai sabiedrības reorganizāciju.
Otrā nozīmīgākā pārvaldes institūcija ir bankas padome, kura tiek izvēlēta pēc akcionāru sapulces lēmuma. Padome ir atbildīga par bankas iekšējas un ārējas politikas pieņemšanu, uzņēmuma organizatoriskās struktūras pieņemšanu, iekšējo kontroli, pārbaudīt un iesniegt bankas budžetu akcionāru sapulcei, darbību veikšanu saskaņā ar likumiem un citiem normatīvajiem aktiem. Padomei ir tiesības pieprasīt no valdes bankas finansiāla stāvokļa pārskatu.
Nākama institūcija pēc hierarhiska principa ir Parex bankas valde. Valde ir pakļauta akcionāru sapulcei un valdi ieceļ akcionāru sapulce. Tieši šīs bankas izpildorgāns veic bankas operatīvo darbību. Vismazākais valdes locekļu skaits ir trīs cilvēki un kuri tiek ievēlēti ne vairāk kā uz trim gadiem. Viens no valdes locekļiem ir bankas prezidents, kā arī šī persona ir valdes priekšsēdētājs. Valdes pienākums ir gatavot attiecīgus dokumentus un priekšlikumus visos jautājumos, kas saskaņā ar Statūtiem jāizskata un jāizlemj akcionāru pilnsapulcē un risināt bankas pamatdarbības jautājumus, kā arī reizi gadā obligāti jāsniedz pārskatu par iekšējas kontroles sistēmas darbību bankas padomei. …
