1962. gada otrajā pusē izraisījās Kubas raķešu krīze, kura bija viens no nopietnākajiem draudiem mieram pasaulē kopš Korejas kara.
1962. gada 3. oktobrī Kenedijs ierosināja Baltajam namam nekādā gadījumā nepieļaut militāro bāžu, kas varētu apdraudēt ASV drošību veidošanu Kubā, jo jau 29. augustā bija radušās aizdomas par to celšanu Kubas teritorijā. Lai to pilnībā pārbaudītu Kenedijs septembrī palielināja ASV spiegu avio lidojumu skaitu pāri Kubas teritorijai. 14. oktobrī no gaisa tika nofotografētās vēl līdz galam neuzceltās PSRS raķešu bāzes Kubā. Divas dienas vēlāk Baltais nams izveidoja komiteju (”Ex Com”), lai palīdzētu prezidentam pieņemt lēmumus par turpmāko reakciju, jo PSRS militārās bāzes apdraudēja ASV drošību.
Lai neizraisītu kodolkaru ASV valdība nolēma izvērst jūras blokādi visiem militāro preču pārvadājumiem uz Kubu. Šādā veidā Hruščovam it kā tika dota iespēja atkāpties, tomēr pastāvēja arī risks, ka PSRS varētu mēģināt pārtraukt blokādi militārā ceļā vai arī veikt uzlidojumus ASV raķešu bāzēm Turcijā.…