Apbalvojumi:
* Triju Zvaigžņu ordenis, III šķira (1926)
* Čehoslovākijas „Baltas Lauvas” ordenis, III šķira
* Lietuvas Ģedimina ordenis, III šķira
* Tēvzemes balva (1939)
* Ļeņina ordenis (1954)
* Latvijas PSR Valsts prēmija (1957)
* Ļeņina prēmija (1958)
* 1967. gada 7. decembrī dibināta Jāņa Endzelīna prēmija. Mūsdienās šo tradīciju turpina ar Latvijas Zinātņu akadēmijas Jāņa Endzelīna balvas pasniegšanu.
Endzelīna godināšana Latvijas Universitātes Lielajā aulā 1953. gadā. Apsveicējiem viņš esot aizrādījis: „Ko jūs mani ar gadiem apsveicat, apsveiciet ar paveikto darbu!
…
