Baltijas jūru ar Atlantijas okeānu savieno tikai neliels jūras šaurums. Jūra ir sekla, tās gultne ir ļoti nelīdzena, ar krasiem pacēlumiem un kritumiem. Līdz ar to ūdens apmaiņa ir ļoti lēna un ierobežota. Piesārņojums, kas nonāk Baltijas jūrā tādēļ paliek tur ļoti ilgu laiku. Ūdens apmaiņai nepieciešami 30-40 gadi
Piesārņojums Baltijas jūrā nonāk ar notekūdeņiem, pilsētu, lauksaimniecības un rūpniecības emisijām, kā arī no kodolatkritumu glabāšanas, nogremdētajiem ķīmiskajiem ieročiem, atomzemūdenēm un to bāzēm. Tāpat vides problēmas Baltijas jūrā ir arī intensīvā zveja, krastu erozija un tūrisms.
