Vislielākais īpaši aizsargājamo dabas teritoriju īpatsvars ir Daugavpils rajonā, jo Daugavpils un Krāslavas rajonā atrodas Augšzemes aizsargājamo ainavu apvidū.
Latgalē ir liels arī vietējās nozīmes aizsargājamo dabas teritoriju un objektu skaits.
Latgales dabu raksturo zilie ezeri - Rāznas ezers, Lubāns - lielākais Latvijā, Drīdzis - dziļākais (65 m), Ežezers - salām bagātākais , ap 1000 ezeru, no kuriem 72 ir lieli (>100 ha), kalni - Lielais Liepu kalns 289 m - augstākais Latgalē, Mākoņkalns - ar senās ordeņa pils mūra pamatiem, Sauleskalns ar plašo augstienes panorāmu, lielākie Latvijas purvi - Teiču purva (200 km2) rezervāts, Lubāna ieplakas purvu masīvs - ar putnu ligzdošanas vietām un senajām cilvēku apmetnēm, Strūžānu kūdras purvs, daudzie dzērveņu un purvu liegumi, Nagļu dīķi - lielākie Baltijā.…
