16. gs. saasinājās cīņa par kundzību Baltijas jūrā. Jauni draudi pār Livoniju nobrieda 16. gs. vidū, kad Maskavas tronī nāca cars Ivans Bargais. Krievi jau agrāk bija paziņojuši, ka pēc Bizantijas bojāejas par Senās Romas ticības un impērijas varenības mantinieci kļuvusi Maskava. Ivana IV paziņojumi, ka Livonija ir sena krievu zeme, radīja draudus Baltijai. Maskava sāka izvirzīt livoniešiem nepieņemamas prasības. 1558. g. krievu un tatāru pulki iebruka Livonijā. Sākās Livonijas karš, kas kļuva parpēdējo karu Livonijas valstu vēsturē, jo dažus gadus pēc tā sākuma Livonija beidza eksistēt.
1558. gadā Ivana bargā karaspēks pārgāja Livonijas robežu trīsvietās. Livonijas zemes kungi pastāvīgi ķildojās, bija attīstījusies artilērija, pilnveidojusies kara māksla, tāpēc ordeņa smagi bruņotā kavalērija un mūra pilis vairs nevarēja nodrošināt zemes aizsardzību. Igaunijā tika ieņemta Narva, taču Latvijas teritorijā ienaidnieki tika atvairīti. Jau 1559. gadā uzbrukums no Krievijas puses tika atkārtots, taču šoreiz tas uzvarēja Livonijas karspēku pie Tirzas, iegāja Kurzemē, taču Rīgu krievi ieņemt nespēja, un atkāpās. …
