Romānā varētu izdalīt trīs sižetiskās līnijas. Viens sižets ir balstīts uz notikumiem Jerušalaimā, kur galvenie varoņi ir arestants Ješua Ha-Nocri un Poncijs Pilāts, otrs – uz notikumiem Maskavā līdz ar Volanda un viņa svītas ierašanos, trešais – vēsta par kāda Maskavas literāta, kas tiek saukts par Meistaru, likteni.
Manuprāt, galvenā tēma, kas saskatāma visās trijās sižetiskajās līnijās, ir cilvēka atbildība par savu rīcību. Īpaši uzskatāmi tas atklājas notikumos Maskavā, jo Volands, šķiet, tāpēc arī ir ieradies pilsētā, lai atmaskotu daudzus cilvēkiem piemītošus netikumus, kuru izpausmes bieži vien arī pats izprovocē, lai pēc tam viņus sodītu. Tā, piemēram, viņš masveidā atmasko publikas bezkaunību un alkatību melnās maģijas seansa laikā. Tas ir viņa galvenais uzdevums – saukt pie atbildības un sodīt nogrēkojušos cilvēkus. To pierāda balle pie sātana 50. dzīvoklī, kad uz balli ierodas visu laiku lielākie nelieši – slepkavas, nodevēji, izvirtuļi, apmelotāji.
Šī tēma atklājas arī notikumos Jerušalaimā. Poncijs Pilāts ir nogrēkojies nevis ar savu darbību, bet ar nolaidību – viņš neizglāba nevainīgu cilvēku no nāves soda, lai gan tas bija viņa spēkos. Tāpēc Ješua pirms nāves arī teica, ka „no visiem cilvēku netikumiem par vienu no lielākajiem viņš uzskatot gļēvumu.” Par to viņam nācās divtūkstoš gadus pavadīt kalnā kopā ar savu vienīgo draugu – suni, neieredzot savu nemirstību un ārkārtīgo slavu.…